黄酒变酸除了后期保存问题之外，最主要的原因是工艺卫生环节不达标，如生产工具洗涤不合格、酿造用水微生物超标等等。
黄酒生产中使用的生产工具所致
黄酒生产中使用的生产工具，如铲子、木耙、竹箩、刮板等。有些黄酒厂不重视生产工具的消毒，甚至清洗工作也较马虎，特别是竹箩，缝隙很多，洗刷时稍不认真，就会藏匿不少饭粒，为杂菌的繁殖提供物质基础，易导致杂菌污染，发酵容器是薄不锈钢缸或陶缸，尤其是装过酸败醪液的容器，内壁沾有大量的产酸细菌，一般的洗涤难以奏效，如果不采取药物灭菌则容易出现酸败现象。
饭粒太烂或有夹生所致
蒸好的糯米饭不宜太烂，更忌夹生。太烂的米饭，由于透气性不好，根霉难以作用。而夹生的米饭也将使根霉菌难以进行糖化，由于糖化不好，淀粉难以转化成还原糖，以致酵母生长也不佳，那么有害的产酸菌就会乘机大量繁殖而导致醪液增酸。
淋饭水及酿造用水微生物超标所致
俗话说“曲是酒之骨，米是酒之肉，水是酒之血”，名酒必有佳泉，如绍兴鉴湖名酒，广西桂平的乳泉造就的“乳泉酒”等，是因为湖水、山泉水一般均能保证微生物学上的纯洁性，有利于延长发酵期以产生酒香。黄酒的淋饭用水及酿造用水最低质量要求必须符合饮用水标准。
酿造用水还必须注意水的酸碱性，应以PH值呈中性或微酸性为宜，因为根霉米曲霉和酵母均适宜在微酸性环境中生长繁殖，而细菌一般喜欢偏碱性的环境条件，故偏碱性的水易发生杂菌感染。目前，能够使用泉水生产黄酒的企业数量很少，大多数生产企业还是使用城市自来水。
夏季，特别是雨季，泥沙俱下，河水混浊不堪，很多城市自来水的微生物都大大超标，同时又含有大量的氯化物，如果不进行脱氯及进一步的净化处理就会直接影响其使用后果。
糖化发酵温度过高或开耙不及时所致
夏季，南方室温常在30℃以上，根霉和酵母的发酵作用释放大量的热，使发酵温度达到危及酵母生命和活性的程度。当品温达到36℃时，酵母的活性明显衰退，38℃时酵母严重伤亡，40℃以上酵母大部分死亡或失去发酵力。如果没有控温措施，高温发酵是引起醋酸菌大量感染和繁殖的主要原因。
及时开耙也是很重要，开耙的目的：一方面是降低品温，使缸中品温上下均匀一致;另一方面是排出大量二氧化碳，同时供给新鲜空气，促进糖化发酵作用。
煎酒温度时间达不到要求或煎酒不及时所致
黄酒发酵(一般干型黄酒发酵1个月，甜型黄酒发酵20天)结束后应即压滤，压滤后马上就进行煎酒，以杀掉酒中的大部分细菌和全部酵母，目的是使贮存的酒不酸败变质。
如果煎酒温度和时间掌握不好，或者是压滤好的酒不及时杀菌都会导致酸败现象。
贮酒容器顶部留有空位所致
黄酒贮存一般采用小型不锈钢罐或500升的陶罐，装好黄酒后，如果贮罐顶部还有大量空间，或者说只装三分之二或四分之三的黄酒，那么一些好气性菌如醋酸菌以及好气性的野生酵母如产膜酵母就会有活动的空间。
醋酸菌不但能将葡萄糖变成醋酸，而且还能氧化酒精为醋酸;侵入酒液表面的产膜酵母，会使酒液表面形成一层薄薄的白色醭。由于留有空位，罐壁因沾有营养丰富的黄酒，会染有大量的青霉、曲霉和毛霉等杂菌，所以说即使煎过的酒如果贮存方法不当也会重新变酸。
关于变酸的黄酒能不能喝这个问题，一般都认为黄酒微酸是正常的，但是太酸就不能饮用了。为防止放置期间变酸，打开之后应该尽快喝完。
