不是随便什么东西烂了都能叫酒的。酿酒有两个重要的生物化学反应过程：一是淀粉糖化，二是酒精发酵。这两个过程必须由糖化菌，酵母菌来进行。微生物多了去了，能出酒的不多，培养出来更不容易我国早在三千多年前的殷商武丁时期就已掌握了微生物“霉菌”生物繁殖的规律，已能使用麦芽、谷芽制成蘖，作为糖化发酵剂酿醴，使用谷物发霉制成曲，把糖化和酒精发酵结合起来，作为糖化发酵剂酿酒了。《尚书》就有“若作酒醴，尔惟曲蘖”的记载。可见，我国是世界上最早以制曲培养微生物酿酒的国家。
在殷商时代，人们已经能成熟地、大规模地制曲和用曲酿酒了。这从殷墟发现的酿酒遗址中用大缸酿酒的情况和出土的商代青铜器中酒器之多，可以得到说明。但那时的酒曲，也就是曲蘖，是松散的发霉发芽的谷粒，所以叫散曲。它含有有用的微生物不很纯，糖化和酒化力也不很强，所以酿酒时的酒曲的用量很大。
到了周代，由于酒曲的发展，曲蘖这个名称的含义也有了变化。曲，专指酒曲，种类也增加了，例如《左传》中记有“麦曲”的名称，在“曲”前加麦字限制，可见已不止一种曲。因为谷芽中含有糖化酵素即糖化酶，所以人们用它来制饴糖。当时制的散曲中，一种叫黄曲霉的霉菌已占了优势。黄曲霉有较强的糖化力，用它酿酒，用曲量较之过去有所减少。有趣的是由于黄曲霉呈现美丽的黄色，周代王室也许认为这种颜色很美，所以用黄色制定了一种礼服，就叫“曲衣”。黄色后来成了历代帝王家的代表色。两汉时期，曲的种类更多了，例如有大麦制的，有小麦制的;有曲表面长有霉菌的，有表面没有长霉菌的。特别是当时除了散曲外，还出现了制成块状的曲，叫饼曲，而且不止一种。
从松散的曲到成块的曲，不只是形式的变化。因为饼曲外面和内部接触空气面不一样，外面有利于曲霉的增长，内部则有利于根霉和酵母的繁殖。根霉菌有很强的糖化力，也有酒精发酵力，它能在发酵中，不断繁殖，不断地把淀粉分解成葡萄糖，使酵母菌好再将葡萄糖变为酒精。东汉时代，有种叫“九酝酒法”的酿酒法，用曲量仅及原料的百分之五，这表明当时的曲已是根霉为主，且曲的作用也从糖化发酵剂变成了所需要的微生物繁殖的菌种。从散曲到饼曲，是酒曲发展史上的一个重要的里程碑。
晋代又出现了一种新的制曲法，即在酒曲中加入草药。晋代人嵇含的《南方草木状》中，就记载有制曲时加入植物枝叶及汁液的方法，这样制出的酒曲中的微生物长得更好。用这种曲酿出的酒，也别有风味。今天，我国有不少名酒酿造用的小曲中，就加有中草药植物，如白酒中的白董酒、桂林三花酒、绍兴酒等等。
红曲，是红曲霉寄生在粳米上而成的曲。红曲霉虽然耐酸、耐较浓的酒精、耐缺氧，但生长的慢，只有在较高的温度下才能繁殖，所以成为我国南方福建、广东、台湾一带酿酒的重要酒曲。宋代我国已以能较普遍地制作红曲了。
红曲制作工艺难度较高，稍有不慎红曲霉就很容易被繁殖迅速的其它菌所压倒。
无怪明代李时珍赞美说：“此乃窥造化之巧者也。”
酒曲的发明，是我们祖先对人类酿酒业的一项重大贡献。后来传给日本、印度和东南亚，东方诸国的酿酒方法也就都用酒曲做糖化发酵剂。直到十九世纪末，西方国家在法国人卡尔迈特氏在研究我国酿酒药曲的基础上，分离出糖化力强并能起酒化作用的霉菌菌株，用以生产酒精，称为“阿米诺法”，才突破了酿酒非用麦芽，谷芽制作蘖作糖剂不可的状况。
更晚些时间，德国人可赫氏才发明了用固体培养做微生物制成糖化发酵剂的方法进行酿造，这比我国发明用酒曲酿酒，已经晚了几千年。
想不到长霉的东西竟能为国争光。
